Fernanda Simões iniciou as suas atividades de investigação na área da Biologia Molecular em 1989 a trabalhar na área da expressão de genes em microrganismos recombinantes e tecnologias do DNA. É investigadora do INIAV, onde trabalha essencialmente com marcadores moleculares para estudos de biodiversidade e melhoramento de plantas. Esteve envolvida no projeto de sequenciação do genoma da árvore nacional: o sobreiro. Foi responsável pela implementação de métodos de seleção genómica em trigo.